- Sagitta setosa
- Sagitta sibogae
- Sagitta tasmanica
- Sagitta tenuis
- Sagitta zetesios
- Sagoscena castra
- Sagoscena praetorium
- Salpa aspera
- Salpa fusiformis
- Salpa maxima
- Salpa thompsoni
- Salpa younti
- Salpingella acuminata glockentogeri
- Salpingella acuminata secata
- Salpingella acuminatoides secata
- Salpingella acuminatoides undata
- Salpingella costata
- Salpingella regulata
- Salpingella subconica
- Sandalops melancholicus
- Sapphirina angusta
- Sapphirina auronitens-sinuicauda
- Sapphirina bicuspidata
- Sapphirina gastrica
- Sapphirina intestinata
- Sapphirina iris
- Sapphirina metallina
- Sapphirina nigromaculata
- Sapphirina opalina-darwini
- Sapphirina ovatolanceolata-gemma
- Sapphirina scarlata
- Sapphirina stellata
- Sarsia eximia
- Sarsia gracilis
- Sarsia producta
- Saturnalis circularis
- Scaeurgus unicirrhus
- Scaphocalanus antarcticus
- Scaphocalanus brevicornis
- Scaphocalanus curtus
- Scaphocalanus echinatus
- Scaphocalanus elongatus
- Scaphocalanus farrani
- Scaphocalanus magnus
- Scaphocalanus parantarcticus
- Schizobrachium polycotylum
- Schizoscelus ornatus
- Scina borealis
- Scina crassicornis
- Scina curvidactyla